Kenshin Himura, seorang mantan siswa dojo Kamiya, menghadapi tantangan berbahaya setelah pembunuhan terhadap mantan komandannya. Ia harus menelusuri kembali jalan kekerasan dan darah untuk mengalahkan Makoto Shishio, seorang prodigi pembunuh yang berencana menggulingkan pemerintah Meiji dan mendirikan kekuasaannya di Kyoto. Shishio telah merencanakan semuanya selama satu dekade dan kini merekrut Aoshi Shinomori, seorang pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin para pejuang Oniwaban Group. Kenshin melakukan perjalanan melalui sebuah desa yang ditinggalkan oleh pemerintah dan kini berada di bawah kendali anak buah Shishio, bertujuan untuk mencegah Jepang kembali terjerumus dalam perang saudara. Ia beraliansi dengan Hajime Saitou, membentuk sebuah aliansi rapuh dalam pertempuran melawan kekaisaran Shishio.